2098年、破滅的な核戦争により人類は滅亡の危機に瀕した。しかし残された者は次第に団結し、新たな道を歩み出した。
発明者や革新者たちがエネルギーを生み出したり作物を栽培したりする新しい方法を見つけ、そういった先見の明を持つ人物の一人がハクスリーインダストリーズ社を設立した。地球の大部分が居住不可能な状態のまま放置され、世界の資源が枯渇していく中、ハクスリー社は利益の全てをロケット科学、人工知能、遺伝子工学の研究につぎ込んだ。
ハクスリー社は貴重な資源を持つ居住可能な惑星を見つけるため、銀河系の探索を開始した。その目的は、銀河の果てまで旅をして貴重な資源を採掘し、人類のために平和で豊かな未来を築くことだった。
人類が移り住んだ惑星では、すべてが入念な計画のもとに管理された。惑星では資源が採掘され、慎重に操作されたDNAを用いて人間を生み出す「培養拠点」が構築された。
個人はそれぞれ、 特定の社会的役割を担うよう培養された。ほとんどの人間は肉体労働者として生み出され、残りは科学者、エンジニア、行政担当者、農学者、医者として生み出された。その目的は完璧に統制された機能的な社会を構築することだった。
ガブリエル（ゲイブ）・ソーマは人類が移り住んだ最初の惑星、プロキシマ・ケンタウリcのクローン拠点で生まれた。彼は植民地化拠点に送られたロボットやアンドロイドの点検・修理を行う小さなメンテナンス班の一員だった。ゲイブは知らなかったが、彼の子ども時代の記憶は全て、彼をクローンした者によって彼の脳裏に埋め付けられたものだった。メンテナンス班の他のメンバーと同様に、彼は自分が地球で両親のもとに生まれたと信じていた。家族の愛情に包まれた思い出を持つことで、彼らの精神は安定した状態に保たれていた。しかし実際には自分が惑星の植民地化拠点でクローンされたとは誰も知らなった。
ガブリエルの宇宙船は惑星ドヴァルカに着陸した。最近発見された太陽系に位置するこの惑星の表面を調査するため、5機の遠隔制御型ドローンと5体の完全自律型ロボットHux-A7が送り出された。
調査に送られたドローンとロボットにより、呼吸可能な空気や豊富な水、たくさんの有機生物に加え、ある予期せぬものも見つかった。それは謎の消滅を遂げた古代文明の遺跡だった。その遺跡は大昔のもののように見えたが、驚くほど進んだ技術を持っていたようだった。その技術は明らかに長年動いた形跡はなく、操作不能の状態で、その原動力は謎に包まれていた。
その惑星は人間が暮らせる環境を持ち、多くの貴重な鉱物資源も見つかったため、植民地化拠点での建設工事が開始された。
上陸用舟艇には人間の乗組員10名用の居住スペースもあった。拠点の建設はほとんど自動化されていたものの、ハクスリーインダストリーズは常に作業を監視する人間の乗組員を派遣していたからである。
ドヴァルカは美しい自然の宝庫だった。色とりどりの花で覆われた草原や原生林。穏やかな湖。広大な河川。ゲイブはこの惑星ならずっと暮らしていけるだろうと思った。感動するほど美しく穏やかな環境に包まれ、チーム全員がリラックスした気分だった。チームのセキュリティ担当だったマイケルでさえ同じ気分だった。
ある日、マイケルは遺跡付近で動植物の調査を担当する科学士官のサラと一緒に輸送車を運転していた。サラによると、突然車が勝手に加速しだしブレーキも全く効かなくなった。迫りくる崖を前にマイケルは車から飛び出すようサラに叫んだ。サラは車のドアを開けようとしたが、そのドアはどうしても開かなかった。マイケルが銃弾を撃ってサラの座席の窓を破り、サラはそこから命辛々飛び出した。マイケルは自分の窓も破って脱出しようとしたが間に合わなかった。窓から出ようともがくマイケル。轟音を立てて崖の端から飛び出していく車。車は30メートルの高さから落ち、燃料タンクが爆発した。サラが崖の端に駆け寄ると、燃え上がる輸送車の中からマイケルの恐ろしい悲鳴が聞こえてきた。
その日の午後、マイケルの追悼式が行われ、その夜、ガブリエルはなかなか寝付くことができなかった。何とか眠りに落ちたと思ったら、今度は息苦しくなって目が覚めた。彼の息は短くなり、その目は 苦しみに見開いた。彼は空気を吸い込もうと喉に手をやる。住居スペースの電源が切れ、酸素がなくなっている。彼は必死になって暗い廊下をよろめきながら進み、ギリギリのところで非常口の扉を手動で開け、外に抜け出した。
仲間の乗組員のうち6人は彼ほどの幸運には恵まれなかった。生命維持装置と換気システムが停止し、彼らはベッドで窒息死した。近くに酸素ボンベを持っていた医務官のドミトリと、彼に助けられたサラだけがなんとか生き残った。
その日の午後、ゲイブはサラからの救難信号を受信した。信号は突然途絶え、ガブリエルは彼女を探すために周辺を調査した。彼が血の跡を辿っていくと、建設途中の食料拠点近くに頭部を切断され、食いちぎられたサラの死体が横たわっていた。ゲイブは、最初に周辺を調査した際、危険な捕食動物を見逃したに違いないと思った。
植民地化拠点に戻った彼は、最初の調査で何か見逃していなかったかメインサーバーのログを調べた。そして、ログのデータから、想像以上に恐ろしいことが判明した。輸送車の操作を乗っ取り、上陸用舟艇の生命維持システムを停止したのは、他ならぬHux-A7ロボットだったのだ。
ガブリエルは施設内で誤作動したHuxを探した。そして、クローン拠点で血まみれになったロボットを見つけた。その手は科学士官の髪を掴み、頭部がぶら下がっている。Huxはその頭部からDNAを抽出し、それを使って…
新しい体を作っていた。
ゲイブはすぐさまロボットに命令を出したが、ロボットはそれを無視した。ゲイブはロボットのソースコードが破損したものだと思い、その主記憶装置にスキャナを差 し込んでソースコードを調べた。すると、ソースコードが彼が見たこともない理解不可能な異質の言語で上書きされていることが判明した。
Huxの再キャリブレーションが必要なことは明らかだった。しかしゲイブがその作業に取り掛かろうとすると、HUXが電力を放って全ての器具を破壊した。ゲイブがロボットの電源を外そうとすると、Huxは彼の首を掴み、人形のようにその身体を3メートル先まで投げ飛ばした。
騒ぎを聞きつけて駆けつけたドミトリの目にゲイブに近づくHuxの姿が入った。ドミトリはHuxに自分の電源を切るよう命じた。ロボットはゆっくりと向きを変え、彼のほうに足を進める。そのロボットに向かってドミトリが誤作動した機能を無効化するコードを叫びかける。Huxは大声を上げるドミトリのことを一瞬見つめたあと、その胸に穴を開け、脈打つ心臓をえぐり取った。医務官は息を引き取り、Huxはその血を抽出して自分のデザインにそれを加えた。
ガブリエルは気を取り直して、この惑星の異様な森の中に飛び出し、燃料拠点に向かった。そこで彼は長い鋼管を見つけ、身を潜めて待った。しかし…
Huxは現れなかった。
日が暮れ、丘の向こうに太陽が沈むと、寒さがゲイブを襲った。そして扉が開く音がその耳に入り、カチャカチャと音を立てながらHuxが姿を現わした。
それは自分に新しい体を創り上げていた。一部は肉の塊。一部はシリコン。一部は人間。一部は機械。力強く、巨大な体。美しく荘厳なその姿は…
古代の神のようだ。
ガブリエルはこっそり逃げようするが、彼の動きを聞き取ったHuxは水素発生器の後ろに彼を追い込んだ。
身 動きが取れなくなったゲイブは、そこに液体水素燃料タンクがあることに気づいた。彼は持っていた鋼管を使ってタンクのバルブを砕いて開け、その音でHuxの気がそれた瞬間に逃げ出した。そして、逃げる最中に扉を鋼管で叩きつけた。すると、火花が発生して燃料に燃え移った。その炎はタンクへと近づいていく。炎がタンクに達すると一瞬にして爆発が起こり、巨大な火の玉が飛び散ってHuxを吹き飛ばした。
ゲイブは草原を駆け抜け、森の中に入った。彼が振り返ると、Huxが炎と煙の中から姿を現わした。燃え上がり、溶け、甲高い声を上げ、変形したその姿。怒りに満ちた恐ろしいその姿は…
古代の神のようだ。
森に生える高木の枝葉が月明りを遮る。ゲイブはHuxに見つかる前に、忍び寄ってくる深い霧の中に駆け込んだ。
彼に吸収される前に。
彼に同化される前に。
